Фамилия Уайис — редкий случай для русского ономастикона. В исконно русских фамилиях нет сочетания «уа» в начале, а финаль «-ис» нехарактерна для славянских суффиксов. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из другого языка, и её разбор нужно начинать не с корня, а с географии и возможного происхождения носителей.

Наиболее вероятная версия — фамилия тюркского или кавказского происхождения. В тюркских языках (например, в башкирском, татарском, казахском) основа «уай» или «уайыс» может восходить к арабскому имени Уайс (Вайс), которое носил один из сподвижников пророка Мухаммеда — Уайс аль-Карани. В исламской традиции это имя почитаемо, и фамилии на его основе встречаются у народов, исповедующих ислам. Суффикс «-ис» в таком случае — не русский патронимический суффикс, а часть исходного имени, закреплённая в фамилии без изменений при русификации.

Вторая версия — фамилия могла возникнуть у народов Северного Кавказа, где имя Уайс (вариант Вайс) также распространено. В осетинском или чеченском языках возможна форма «Уайис» как фонетический вариант. Если фамилия попала в русские документы в XIX–XX веках, её могли записать на слух, не адаптируя под стандартные модели на -ов или -ин.

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия — результат искажения при переписи. Например, редкая фамилия Уайс (английская или немецкая) могла получить русское окончание «-ис» из-за ошибки писаря. Однако в таком случае географическое распространение было бы иным — скорее, среди обрусевших немцев или в среде эмигрантов.

Поскольку фамилия нетипична, её социальная история связана не с русским крестьянством или дворянством, а с переселенческими или этническими группами. Носители Уайис в России — это, скорее всего, потомки тюркских или кавказских родов, чьи предки носили имя Уайс и сохранили его в качестве фамилии без дополнительных суффиксов. Точных статистических данных о распространённости фамилии нет, но по открытым источникам она встречается единично, что подтверждает её нестандартное происхождение.