Фамилия Убугунова — женская форма от мужской фамилии Убугунов, которая образована по типичной русской модели с суффиксом -ов. Однако её основа совершенно нехарактерна для центральной России и указывает на восточные корни, скорее всего бурятские или монгольские. В русском языке фамилии на -ов/-ев обычно присоединялись к именам, прозвищам или профессиям славянского происхождения, но в данном случае мы видим адаптацию иноязычного слова через русский патронимический суффикс.

Корень «Убугун» восходит к монгольскому или бурятскому слову «үбгэн» (старик, старец, дед). В тюрко-монгольских языках это слово могло быть не просто обозначением возраста, а уважительным прозвищем или даже личным именем, которое давали ребёнку, чтобы он жил долго, «до старости». В бурятской ономастике такие имена-обереги были распространены: считалось, что называя сына «Стариком», родители обманывают злых духов, которые якобы не позарятся на старого человека.

Самый вероятный путь возникновения фамилии: предок носителя (носительницы) фамилии Убугунов был бурятом или монголом, носившим имя Убугун (или прозвище Убугун). При переходе на русскую фамильную систему (особенно в Забайкалье и Иркутской губернии в XIX — начале XX века) к этому имени добавили русский суффикс принадлежности -ов, получив Убугунов — «сын Убугуна». Соответственно, Убугунова — «дочь или жена Убугунова».

Фамилия редкая и географически привязана к Бурятии, Забайкальскому краю и Иркутской области. Встречается вариант написания с одной «н» — Убугунов, что тоже возможно, так как при адаптации монгольских слов через русский язык удвоение согласных не всегда сохранялось. По сословной принадлежности предки, скорее всего, относились к бурятским казакам или крестьянам-скотоводам, так как фамилии такого типа в регионе часто фиксировались у коренного населения, переходившего в оседлый образ жизни.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на отчество от крестильного имени, здесь мы имеем дело с прозвищным именем по возрасту или уважительному статусу. В бурятской традиции слово «үбгэн» могло также означать шамана или родового старейшину, но основная версия — бытовое прозвище-оберег.