Фамилия Учускина — редкий случай, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная этимология. Скорее всего, её основа — не русское слово, а тюркский топоним. В первую очередь на ум приходит река Учускин (Уч-Ускин) в Башкортостане или одноимённое село. Гидроним переводится с башкирского как «три ущелья» (уч — три, ускын — ущелье, теснина). Житель этой местности, переселившийся в другой регион, легко мог получить прозвище Учускин, от которого и образовалась фамилия.

Модель образования здесь стандартная — суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Учускин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Учускин. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов на -а, -я, но в данном случае он присоединился к основе, уже оканчивающейся на согласный (Учускин), что нехарактерно для исконно русских прозвищ, но встречается в фамилиях, перешедших из тюркской среды. Женская форма Учускина — естественное грамматическое окончание.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от личного имени или прозвища Учуска, которое могло быть уменьшительной формой от какого-нибудь крестильного имени (например, Устин или Урван) с тюркским фонетическим влиянием. Однако отсутствие следов такого имени в исторических источниках делает эту гипотезу слабой. Фамилия почти не встречается за пределами регионов Поволжья и Урала, что подтверждает её локальный характер. Носители Учускиной, скорее всего, потомки крестьян или казаков, осваивавших эти земли.