Фамилия Удифанов — редкий случай, когда за основу взято не имя и не прозвище в привычном смысле, а напрямую профессия. В её основе лежит слово «удифа́н» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли удильщика, то есть рыболова, промышляющего удочкой. Корень здесь тот же, что в слове «уда» (устаревшее название удочки), а суффикс -ан- указывал на деятеля: удифан — «тот, кто удит».

Фамилия образована по стандартной патронимической модели на -ов: Удифанов буквально значит «сын удильщика» или «из семьи удифана». Это типичная «профессиональная» фамилия, каких много в русском ономастиконе (Кузнецов, Мельников, Рыбаков), но с той разницей, что исходное слово «удифан» в литературном языке не закрепилось и осталось диалектным. Поэтому фамилия встречается редко и имеет чёткую географическую привязку: её носители чаще всего происходят из районов бывшей Курской, Воронежской губерний или с юга России, где рыболовство на реках было промыслом, а не только хобби.

Интересно, что в некоторых говорах слово «удифан» могло приобрести ироничный оттенок — так могли прозвать терпеливого, но не слишком удачливого рыбака или даже просто любителя сидеть с удочкой без особого улова. Однако это лишь гипотеза: прямое значение «рыбак-профессионал» надёжнее и правдоподобнее, поскольку фамилия фиксируется в документах XVIII–XIX веков за крестьянами и мещанами, для которых ловля рыбы была средством прокорма, а не забавой.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Удилов, Удин, Удников — показывает, что Удифанов стоит особняком: у него необычный словообразовательный формант -анов, который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните Булгаков, но там другая основа). Это дополнительно подтверждает, что фамилия возникла не от канонического имени, а от живого разговорного прозвища по занятию.