Фамилия Уканакова — женская форма мужской фамилии Уканаков. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Укан, а оно, скорее всего, происходит от тюркского слова «укан» — «стрела». Такая версия наиболее правдоподобна, учитывая, что фамилия распространена у народов, испытавших сильное тюркское влияние, в первую очередь — у балкарцев и карачаевцев. В этих языках «окъ» или «укан» означает именно стрелу, и такое прозвище мог получить меткий стрелок или воин.

Модель образования фамилии для тюркских языков типична: к основе Укан добавился русский патронимический суффикс -ов/-ев, а затем окончание -а, указывающее на женский род. Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в период тесных контактов кавказских народов с русской административной системой, в XIX–XX веках. Вариант Уканаков, а не Уканов, указывает на то, что исходная основа была не просто Укан, а Уканак — с аффиксом принадлежности или уменьшительности, то есть «его стрела» или «стрелочка». Встречается также написание Уканакова с ударением на третий слог.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с арабским именем Уккана (от «укнун» — «икона, образ»), но для Кавказа тюркская этимология убедительнее. Встречаемость фамилии крайне невысока: по открытым данным, в России живут единицы носителей, преимущественно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Таким образом, предки человека с фамилией Уканакова, скорее всего, были тюркоязычными горцами, а прозвище основателя рода указывало на его воинское мастерство.