Фамилия Унайбеков — один из тех случаев, где корень фамилии говорит о происхождении носителя больше, чем её окончание. Основа «Унайбек» — это составное тюркское имя, и разобрать его стоит, отталкиваясь от географии.

Первая часть, «Унай», восходит к тюркскому корню «ун» (десять) или к глагольной форме со значением «суметь, справиться». Вторая часть — «бек», титул, означающий «господин, князь, предводитель». Таким образом, полное имя Унайбек могло означать либо «десятый бек» (условное именование по счёту сыновей в семье), либо «бек, который сумел» — прозвище удачливого или умелого правителя. Такие составные имена на «-бек» характерны для тюркских народов Средней Азии и Казахстана, особенно для кыргызов, казахов и узбеков.

Модель образования фамилии стандартная для русского языка XIX–XX веков: к основе «Унайбек» добавили патронимический суффикс «-ов». В среде, где фамилии только начинали закрепляться, это означало «сын Унайбека» или «из рода Унайбековых». Суффикс «-ов», а не, скажем, «-ев», указывает на то, что основа оканчивалась на твёрдый согласный (по правилам русской грамматики). В самой тюркской среде фамилия могла бы выглядеть как Унайбеков, Унайбеков, Унайбеков — но в русском документообороте закрепился именно этот вариант.

Географически фамилия Унайбеков встречается в основном в Казахстане, Кыргызстане и среди татарского населения России. Встречается она и у башкир, хотя реже. Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми знатного или служилого происхождения — «бек» в имени не случайность. Однако в XX веке, при массовом закреплении фамилий, её могли получить и потомки тех, кто просто носил имя Унайбек, без прямой связи с титулом.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда пытаются связать «Унай» с арабским словом «унай» (милость, благосклонность), но это натяжка: фонетически и исторически тюркский корень убедительнее. Ещё реже встречается предположение, что «Унай» — это искажённое «Онай» (с казахского «десять»), но это лишь подтверждает основной разбор. Так что единственная достоверная линия — тюркское имя с титулом, адаптированное под русскую фамильную систему.