Фамилия Унайбекова — нечастая, и её разговор стоит начать не с корня, а с модели образования. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «Унайбеков», то есть потомок человека по имени или прозвищу Унайбек. Женская форма Унайбекова — естественное грамматическое продолжение. Основа здесь — тюркское двусоставное имя Унайбек, которое и дало фамилию.

Первая часть имени, Унай, скорее всего, восходит к тюркскому глаголу со значением «соглашаться», «ладить», «подходить». В казахском и других тюркских языках слово «унау» означает «нравиться», «быть по душе». Вторая часть — бек — классический титул, обозначающий князя, господина, предводителя. Соединяясь, имя Унайбек могло значить «бек, который угоден», «бек, с которым соглашаются» или «угодный господин». Это характерное для тюркской ономастики имя-пожелание: родители надеялись, что сын вырастет человеком, к чьему мнению прислушиваются, с кем легко найти общий язык.

Географически фамилия Унайбекова тяготеет к регионам с тюркским населением, особенно к Казахстану и соседним областям России (Оренбуржье, Астраханская область). Встречается она и у башкир, и у татар. Поскольку компонент «бек» в именах был распространён среди знати и родовой верхушки, предки носителей фамилии могли принадлежать к привилегированным слоям общества — биям, старшинам, зажиточным скотоводам. Однако фамилия не обязательно говорит о прямом аристократическом происхождении: имя Унайбек давали и в среде простых кочевников, желая ребёнку удачи и авторитета.

С точки зрения истории написания, фамилия сравнительно поздняя — оформилась в XIX — начале XX века, когда у тюркских народов начали массово фиксировать фамилии по отчеству или имени деда. Вариант с окончанием -ова (а не, скажем, -ева или -улы) указывает на русское влияние: фамилию записали по привычной для имперской администрации схеме. В самой тюркской среде отчество звучало бы как «Унайбекұлы» (сын Унайбека) или «Унайбеккызы» (дочь Унайбека).

Однокоренных фамилий немного: Унайбеков, Унаев, Унайбаев. Все они держатся на одном корне «унай» и указывают на общую родовую традицию. Споров о происхождении фамилии практически нет — этимология прозрачна, а альтернативные версии (например, связь с арабским «унаййа» — «помощь») выглядят натянутыми, так как тюркская основа очевидна и подтверждается живым языком.