Фамилия Унишкова — женская форма, а её мужской вариант — Унишков. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, от которого она образована.

Словообразовательная модель здесь стандартна: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Унишка). Основа — «Унишк-». Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от какого-либо канонического имени. Наиболее вероятная версия: «Унишк» — производное от имени Ун (или Уня), которое в свою очередь могло быть сокращением от крестильного имени Урван (латинское Urbanus — «городской») или от более редкого Устин (от латинского Justinus — «справедливый»). В русских говорах такие усечения с добавлением суффикса -ишк- (Ун → Унишка) типичны для бытовой, неофициальной речи. Имя Ун фиксируется в старых документах, например, в новгородских и псковских грамотах.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «унить» — в некоторых говорах означало «унимать», «успокаивать», или даже с «унылый». Тогда прозвище Унишко мог получить человек медлительный, тихий или, наоборот, тот, кто унимал ссоры. Однако для фамилий чаще берут за основу имя, а не нарицательное слово, поэтому первая версия предпочтительнее.

Географически фамилия Унишков/Унишкова тяготеет к северо-западным регионам России — бывшим Новгородской, Псковской, Вологодской губерниям. Там же встречаются однокоренные фамилии: Унин, Уничкин, Уньков. Встречаемость фамилии невысокая, что типично для «домашних» прозвищных форм, не ставших массовыми.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям. В дворянские родословные книги Унишковы, судя по доступным источникам, не попали. Фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века, например, в Вологодской губернии — как у государственных крестьян. Это говорит о том, что предки были людьми простого звания, а фамилия закрепилась относительно поздно, в эпоху всеобщей паспортизации.