Фамилия Унжин — одна из тех, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозвище или профессия. Скорее всего, её основа — название реки Унжа в Костромской области, левого притока Волги. В таком случае фамилия образована по топонимической модели: человек, живший на Унже или выходец оттуда, получал прозвище Унжа, а его потомки — Унжины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Унжин, то есть сын или потомок Унжи.

Однако есть и другой, более редкий вариант. В русских говорах слово «унжа» могло означать нечто вялое, медлительное — от глагола «ундить» (тянуть, мешкать). Тогда прозвище Унжа давали человеку неторопливому, флегматичному. Эта версия менее вероятна, потому что фамилия встречается в основном в Поволжье и на Русском Севере, где река Унжа — заметный географический объект. Для сравнения: фамилия Унжакова (от того же корня) тоже встречается в костромских землях.

Если смотреть на сословное происхождение, то Унжины могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми. В XVI–XVII веках по реке Унже проходили пути освоения Поморья, и многие переселенцы брали фамилию по месту прежнего жительства. Дворянских родов Унжиных в истории не зафиксировано, что косвенно подтверждает народное, незнатное происхождение фамилии.

Встречается также вариант написания с двумя «н» — Унжинн, но он крайне редок и, скорее всего, результат ошибки в документах. Основная форма — Унжин — чётко укладывается в модель русских фамилий на -ин от основ на -а/-я.