Фамилия Уньжинова — редкая и территориально привязанная, её корни ведут в бассейн реки Уньжа. Это женская форма фамилии Уньжинов, а мужская, Уньжинов, встречается преимущественно в Костромской и Нижегородской областях, а также в Марий Эл. Основа фамилии — топоним Унжа, название реки, впадающей в Волгу, и нескольких населённых пунктов вдоль неё. Модель образования типична для русских фамилий, указывающих на место жительства или происхождения: человек, живший на Унже или выходец оттуда, получал прозвище Уньжа, а его потомки — фамилию Уньжиновы. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: «чей?» — Уньжин, то есть «сын того, кого звали Уньжа».

Сам топоним Унжа имеет финно-угорское происхождение. На языке марийцев «унжа» означает «спокойная», «тихая», что хорошо описывает характер реки. В русских говорах слово «унжа» могло закрепиться и как прозвище для спокойного, медлительного человека. Поэтому возможна и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти не от географического названия, а напрямую от прозвища Уньжа, данного по характеру. Однако для фамилий с чёткой топонимической привязкой (Унжа — река с исторической значимостью, по ней проходили торговые пути) первая версия выглядит убедительнее.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла стадию усечения: от «Унжа» → «Уньжа» (с мягким знаком, характерным для северных говоров) → «Уньжин» → «Уньжинов». Двойной суффикс -ин-ов- встречается реже, чем простой -ов или -ин, и обычно указывает на то, что первоначальная фамилия (Уньжин) была дополнена патронимическим суффиксом -ов для приведения к более стандартной форме. Это говорит о том, что фамилия формировалась не в центральных губерниях, а на периферии, где местные диалектные особенности дольше сохранялись.

Искать носителей фамилии стоит именно в Костромском Заволжье и на границе с Нижегородчиной — там, где Унжа несёт свои воды. Социальный состав предков мог быть разным: от крестьян, живших на берегах реки, до служилых людей, получивших землю по Унже в XVI–XVII веках. Точных сведений о принадлежности к дворянству нет, что типично для фамилий, образованных от рек с широким расселением.