Фамилия Упиндя — редкий случай, когда прозвище или имя-основа явно не славянского происхождения, а само слово, скорее всего, заимствованное. Сразу бросается в глаза нехарактерный для русских фамилий суффикс -я. В русской ономастике фамилии на -я обычно имеют украинские корни (типа Шевченко, Палий) или образованы от прозвищ, оканчивающихся на -я, которые фиксировали необычную черту. Но в случае с Упиндя основа не укладывается в привычные славянские модели.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским или финно-угорским субстратом. В татарском, башкирском или марийском языках есть корни, близкие к «упын» или «упен», которые могут означать «подарок», «дар» (например, в тюркских языках «уп» — корень со значением «целовать» или «дарить», а -ды/-де — аффикс причастия прошедшего времени). В таком случае Упиндя могло быть старым дохристианским именем-пожеланием, вроде «Дарованный» или «Целованный» (то есть желанный, любимый ребёнок). Фамилию образовали от этого имени по продуктивной русской модели: Упиндя → Упиндин (чей? — сын Упинди), но в документах могла закрепиться и сама исходная форма как фамилия.

Вторая версия — прозвищная, но менее убедительная. В некоторых говорах русского Севера и Урала есть слово «упинка» (усталость, утомление) или глагол «упинаться» (упираться, не соглашаться). Однако суффикс -дя здесь не объяснить — он не продуктивен для русских нарицательных слов. Если бы фамилия была Упин или Упинков, эта версия выглядела бы весомее.

Географически фамилия Упиндя встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкирии, Пермском крае. Это как раз зона активных контактов русского населения с тюркскими и финно-угорскими народами, где такие гибридные фамилии не редкость. Социальный статус предков, судя по модели образования, скорее всего, был крестьянским или посадским: в дворянскую среду фамилия с таким нестандартным окончанием вряд ли попала.

Похожие по структуре фамилии — Упин, Упиров, Упкин — встречаются у русских, татар и марийцев, но Упиндя стоит особняком. Это не описка и не искажение: в переписях XIX века форма устойчиво фиксируется именно с -дя. Так что, скорее всего, перед нами редкий случай, когда в фамилии законсервировалось древнее тюркское или финно-угорское имя, которое в русской среде превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов.