Фамилия Упине — редкий случай, когда географический акцент важнее морфологического разбора. Перед нами не типичная русская фамилия с суффиксом -ов или -ин, а скорее всего латышская или латгальская по происхождению. В латышском языке суффикс -ītis (в русской передаче часто -иньш, -ине, -инь) образует фамилии, указывающие на принадлежность к роду или месту: например, Bērziņš (Берзиньш), Ozoliņš (Озолиньш). Форма «Упине» — это русифицированная запись латышской фамилии Upiņš или Upiņe, где корень up- означает «река». Буквально: «речной», «живущий у реки» или «маленькая река». Встречается также вариант написания «Упинь», что ещё прозрачнее указывает на латышский оригинал.

Если отбросить балтийскую версию, можно предположить и русское происхождение, но с оговорками. Основа «уп-» в русских говорах встречается редко. В словаре Даля «упа» — это река в некоторых диалектах (заимствование из финно-угорских языков), а «упить» — устаревшее «убавить», «уменьшить». Фамилия могла возникнуть как прозвище Упа (от «упасть» или от глагола «упить» в значении «убавить, отпить»), к которому добавился фамильный суффикс -ин, давший форму «Упин». Но женская форма «Упине» (а не «Упина») для русской фамилии нехарактерна — в русском языке фамилии на -ин склоняются по падежам, а форма «Упине» застыла, что опять же указывает на иноязычное происхождение.

С точки зрения словообразования, фамилия Упине — это пример того, как при переносе в русскую среду балтийский суффикс потерял мягкость, а окончание превратилось в -е. В Латвии и Латгалии фамилии на -iņš (мужской род) и -iņa (женский) широко распространены, и их носители — преимущественно крестьяне и ремесленники XIX века, получившие фамилии при отмене крепостного права. В России эта фамилия встречается в единичных случаях, в основном в северо-западных регионах или среди потомков латышских переселенцев. Таким образом, наиболее правдоподобная версия: предок носителя фамилии жил у реки, и его прозвали «речным» на латышский манер.