Фамилия Упрунина — женская форма, а в основе лежит мужская Упрунин. Это редкий случай, когда фамилия образована не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с физическим свойством или поведением человека. Корень здесь — «упругий», то есть пружинистый, эластичный, способный восстанавливать форму. В переносном смысле так могли назвать человека гибкого, подвижного, неунывающего или, наоборот, упрямого и несговорчивого — диалекты дают разные оттенки.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Упрунин — буквально «сын или потомок Упруна», где Упрун — это прозвище, образованное от прилагательного «упругий» с помощью типичного для русских прозвищ суффикса -ун (как Говорун, Молчун, Болтун). Такие прозвища в XVI–XVII веках были распространены в северных и центральных областях России, особенно в среде крестьян и посадских людей.

Однокоренные фамилии встречаются редко, что подтверждает нетипичность основы. В ономастических справочниках Упрунин не упоминается у Б. Унбегауна или В. Никонова — это говорит о локальном бытовании, возможно, в одной-двух губерниях. Скорее всего, фамилия возникла в среде крестьян или ремесленников, где прозвища давали по яркой внешней или внутренней черте.

Если отталкиваться от диалектов, слово «упруг» в псковских и тверских говорах означало «жилистый, сильный, выносливый». В таком случае предок Упрунин мог быть крепким работником, кузнецом или плотником — человеком, чья сила и гибкость бросались в глаза. Менее вероятна, но возможна связь с названием инструмента: в некоторых ремёслах «упруном» называли пружину или гибкий стержень, но документальных подтверждений этому нет.

Сегодня фамилия Упрунина встречается крайне редко, в основном в центральных регионах России. Основной вывод для носителя: ваша фамилия — не от имени святого и не от географического названия, а от живого, образного прозвища, которое дали предку за его физическую или характерную особенность.