Фамилия Урюпонинский — редкий случай, когда географическая основа очевидна, но её происхождение вызывает вопросы. В отличие от привычных фамилий на -ский, образованных от названий городов и сёл (например, Тверской или Рязанский), здесь мы имеем дело с прилагательным, которое могло возникнуть двумя разными путями.

Первый и самый прямой вариант — связь с рекой Урюп (приток Чулыма в Красноярском крае) или с населённым пунктом, от неё названным. В таком случае Урюпонинский — это житель берегов Урюпа, получивший фамилию по месту жительства. Однако форма «Урюпонинский» с суффиксом -ин- настораживает: обычно притяжательные прилагательные от рек дают фамилии типа «Урюпинский» (как от реки Урюпь). Вставка -он- может быть результатом народной этимологии или местного говора.

Вторая версия отсылает к прозвищу Урюпоня. В русских говорах «урюпа» или «урюп» могло означать неуклюжего, нерасторопного человека или, наоборот, того, кто «урюпит» — делает что-то медленно, с ленцой. Суффикс -оня (как в прозвищах Тишоня, Левоня) — типичный для севернорусских и сибирских говоров уменьшительный или пренебрежительный. От такого прозвища сначала возникла фамилия Урюпонин (сын Урюпони), а затем, по модели дворянских или семинарских фамилий, её «облагородили» суффиксом -ский, что дало Урюпонинского. Это характерно для фамилий, которые хотели сделать более звучными и книжными.

Третье, маловероятное объяснение — связь с фамилией Урюпин. Известно, что в XVIII веке в Воронежской губернии существовала слобода Урюпинская (ныне город Урюпинск). Если бы фамилия писалась как Урюпинский — вопросов не было бы. Но форма Урюпонинский с ударением, скорее всего, на второй слог (Урю́понинский) указывает на иную словообразовательную цепочку.

По сословной принадлежности Урюпонинские, скорее всего, не относились к высшей аристократии: фамилии на -ский у крестьян и мещан появлялись поздно, часто как «искусственные» — при переписях или переходе в духовное сословие. Если предки были священниками, фамилию могли дать по названию прихода (например, село Урюпонино), но таких топонимов в известных списках нет.

Таким образом, наиболее правдоподобная версия — происхождение от прозвища Урюпоня, которое затем прошло стадию патронима на -ин и получило «дворянский» суффикс -ский. Это делает фамилию не столько географической, сколько прозвищной, с оттенком народной иронии.