Фамилия Устинникова происходит от мужского имени Юстин (из латинского имени Юстинус, в основе которого лежит слово «justus» - «справедливый»). Фамилия же образована от просторечной формы этого имени – Устин. Скорее всего, основатель рода Устинниковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды.