Фамилия Устинникова в своей основе восходит к крестильному имени Юстин, которое пришло на Русь из латыни: Юстинус образовано от слова «justus» — «справедливый». Однако в народной, просторечной среде это имя быстро переделали в более удобное для произношения — Устин. Именно от этой формы и пошла фамилия.

Разбираем словообразовательную модель. Взяли просторечное имя Устин, добавили к нему притяжательный суффикс -ник (указывающий на принадлежность: «сын Устина»), а затем — стандартный фамильный суффикс -ов. Получилась цепочка: Устин → Устинник → Устинников. Такая модель встречается реже, чем прямое образование от имени с суффиксом -ов (Устинов), и обычно указывает на более позднее, но самостоятельное формирование фамилии в среде, где имя уже бытовало в обиходной форме.

Судя по просторечной основе, предки Устинниковых вряд ли принадлежали к знати. Скорее всего, основатель рода был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах и переписях такие фамилии часто фиксировали именно за простыми людьми — крестьянами, ремесленниками, посадскими, у которых имя Устин было распространено и не несло книжного оттенка.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную промежуточную форму Устинник, которая сегодня почти не встречается как самостоятельное имя или отчество. Это делает фамилию Устинникова своеобразным маркером: она застыла в том виде, в каком её записали в старых ревизских сказках, и не подверглась дальнейшему упрощению. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — УстИнникова, что тоже соответствует просторечной традиции произношения имени.

Однокоренные фамилии — Устинов, Устинович, Устинкин — образованы от тех же основ, но Устинников стоит особняком из-за редкого суффиксального наращения. Если Устиновы могли происходить от разных лиц по имени Устин, то Устинниковы — потомки конкретного человека, которого в быту звали Устинником (то есть сыном Устина). Это типичная патронимическая цепочка, которая со временем закрепилась как родовая.