Фамилия Уткербаева — редкий пример, в котором русский суффикс -ев наращен на основу, не имеющую славянских корней. Это типичная «вторичная» фамилия: её носители, скорее всего, происходят из тюркоязычной среды, где фамилии в современном виде сложились позже, чем в центральной России, и часто оформлялись по русской модели при документации в XIX–XX веках.

Основа фамилии — мужское имя Уткербай. В нём чётко выделяются два компонента: «Уткер» (вариант имени Уткель, Уткен, восходящий к древнетюркскому глаголу со значением «проходить», «миновать» или «переживать») и «бай» — титул, означающий «господин», «богач», «хозяин». Имена с компонентом -бай были широко распространены у казахов, башкир, татар, киргизов, каракалпаков. Имя Уткербай могло означать «переживший (трудности) господин» или «прошедший (сквозь испытания) богатырь» — в родительском пожелании сыну стойкости.

Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных) указывает на принадлежность: Уткербаев — буквально «сын (или потомок) Уткербая». Такое оформление — стандартный способ русификации тюркских фамилий в документах Российской империи и СССР. Если бы фамилия осталась в исконной форме, она звучала бы как Уткербайулы (у казахов) или Уткербаев (как и записано).

Географически фамилия тяготеет к Казахстану и прилегающим регионам России (Астраханская, Оренбургская области). Встречаемость низкая, что говорит о локальном распространении — вероятно, родоначальник был известен в пределах одного аула или рода. В русских переписях XIX века такая фамилия почти не фиксируется, потому что у кочевых народов фамилий в европейском понимании долго не было: человека обозначали по имени отца (патроним) и роду.

Что касается ударения: в русском языке оно почти всегда падает на последний слог — Уткерба́ева (женская форма) и Уткерба́ев (мужская). В тюркском оригинале ударение могло быть на первом слоге, но при адаптации сместилось по законам русской фонетики.

Фамилия не имеет отношения к русскому слову «утка» — это случайное звуковое совпадение. Корень здесь тюркский, и попытки искать в нём «утиные» смыслы заведут в тупик.