Фамилия Ваарманн — составная, и её происхождение уходит корнями в языки двух балтийских культурных ареалов. Первая часть восходит к эстонскому слову vaar — «дед, старец». Вторая часть — немецкое Mann, то есть «человек, мужчина». Таким образом, в основе фамилии лежит прозвище, которое либо указывало на возраст и статус предка («старый человек, старейшина»), либо было уважительным обращением к нему.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная, но не лишённая логики. Согласно ей, первая часть связана с голландским waar — «верный» или «товар». В таком случае фамилия могла указывать на занятие предка: торговец, купец, человек, имеющий дело с товаром. Однако голландский след в фамилиях Прибалтики встречается реже, чем немецкий или эстонский, поэтому версия с «дедом» выглядит предпочтительнее.

Модель образования типична для балтийских немцев и эстонцев, где немецкий корень -mann часто присоединяли к местной основе. В русском языке фамилия сохранила двойное «н» на стыке частей — это след немецкого написания. Социально носители фамилии могли принадлежать к городским сословиям: ремесленникам, торговцам или управляющим, но точных данных о сословной принадлежности основателей рода нет.

Географически фамилия Ваарманн тяготеет к Эстонии и северной Латвии, где исторически смешивались эстонская речь и немецкая административная культура. Встречается она и в России, куда попала с переселенцами в XVIII–XIX веках, но остаётся редкой.