Фамилия Ваекар — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает любую другую версию. Основа фамилии — топоним Ваекар или Ваекари. Это название хутора или небольшого поселения, скорее всего, в Эстонии или на северо-западе Латвии (историческая Ливония). В этих местах встречаются хутора с корнем «Vae-» (эст. «vae» — страдание, мука, усилие, но также и «vae-» как часть сложных слов), а суффикс «-kar(i)» может указывать на принадлежность или занятие. Таким образом, фамилия могла означать «человек с хутора Ваека» или «тот, кто живет у Ваекара».

Модель образования фамилии нетипична для русской системы. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Фамилия застыла в форме топонима без переоформления — это характерно для прибалтийско-немецкой или эстонской традиции, где фамилии часто представляли собой чистые названия усадеб или мест. Если предок Ваекар носил эту фамилию в Российской империи, он, вероятнее всего, был из числа остзейских крестьян или мещан, чью фамилию записали по месту жительства, а не по имени отца.

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища на основе диалектного глагола «ваекать» (в некоторых говорах — говорить невнятно, тянуть слова). Но эта гипотеза слабая, потому что такого глагола нет в основных словарях русских говоров, а фамилия с корнем «ваек-» почти не встречается за пределами Прибалтики. Поэтому версия с хутором остаётся основной.

В документах фамилия могла писаться и как Ваэкяр, и как Ваекарр — двойные согласные на конце часто путали при записи в метрических книгах. Встречаемость фамилии крайне низкая: в современной России она практически не фиксируется, а в Эстонии единичные носители живут в уездах Харьюмаа и Ляэне-Вирумаа.