Фамилия Вапекар — редкий случай, когда корень слова не прочитывается на славянской почве. Носители такой фамилии, скорее всего, имеют предков из числа поволжских немцев или прибалтийских шведов. Основа «вап» (Wapp) в немецком языке могла означать либо «оружие», либо сокращённую форму личного имени Ваппрехт. Суффикс «-екар» — это искажённое немецкое «-еr», обозначающее профессию или принадлежность. Таким образом, Вапекар — это человек, связанный с оружием: оружейник, кузнец, стражник.

В Российской империи фамилия фиксировалась в колониях немцев Поволжья, особенно в Самарской и Саратовской губерниях. Там немецкое Wappeker под влиянием русской речи потеряло конечное «-r» в произношении, но сохранилось в написании как «Вапекар». Альтернативная версия — происхождение от эстонского vapper («храбрый, отважный»), но она менее вероятна: эстонские фамилии редко встречаются в центральной России.

Словообразовательная модель проста: корень «вап» + суффикс деятеля «-екар» (аналог русского «-щик»). Фамилия не склоняется по падежам, что типично для иноязычных заимствований. Встречается также вариант написания «Ваппекар» с удвоенной «п» — это более точная транслитерация немецкого Wappeker.

В дореволюционных метрических книгах лютеранских приходов фамилия записывалась латиницей. После депортации немцев в 1941 году часть носителей оказалась в Сибири и Казахстане, где фамилия могла дополнительно русифицироваться. Сегодня Вапекар — редкая фамилия, которая чётко указывает на немецкое происхождение предка, занимавшегося военным ремеслом или охраной.