Фамилия Вафакова — редкий случай, когда основа слова не имеет славянских корней, а модель образования типично русская, что сразу указывает на способ её появления. Фамилия образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ов, который в русском языке присоединялся к основам, оканчивающимся на твёрдый согласный, и означал принадлежность («чей?» — сын Вафака). Женская форма Вафакова — естественное производное от мужской Вафаков.

Ключевая загадка — основа Вафак. Она восходит к арабскому имени Вафак (или Вафик), которое в переводе означает «успешный», «удачливый», «согласный». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, это имя получило распространение через исламскую традицию. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком, носившим личное имя Вафак, а его потомки закрепили это имя как родовое прозвание.

Географически фамилия Вафакова почти наверняка привязана к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, возможно, к Оренбургской области. В русских метрических книгах центральных губерний эта фамилия не встречается, что подтверждает её иноязычное происхождение. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для локальной генеалогии: каждая ветвь, вероятно, ведёт начало от одного конкретного человека, принявшего фамилию в XIX веке при массовом учёте населения.

Социальный контекст прост: предки Вафаковых были, скорее всего, крестьянами или мещанами из числа татарского или башкирского населения. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Сама фамилия — живой пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, получило русский суффикс и стало частью фамильного фонда России.