Фамилия Вафаев образована от арабского мужского имени Вафа. В переводе с арабского оно означает «честность», «правдивость», «верность слову», а также «выдержанность» и «тактичность». Родители, называя сына Вафа, вкладывали в имя пожелание, чтобы он вырос человеком, для которого честь и верность обещанию — не пустые слова.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в тюркской среде типу: к основе добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных). Так что Вафаев буквально означает «сын Вафы» или «потомок Вафы». Модель типична для фамилий, которые складывались у тюркских народов в XIX — начале XX века, когда при переписях и в документах к личным именам добавляли русские окончания.

Встречается фамилия в основном у народов, традиционно исповедующих ислам: у татар, башкир, азербайджанцев, народов Дагестана. Встречаются и другие варианты написания — например, Вафаев с ударением на последнем слоге, что характерно для азербайджанской произносительной нормы.

Стоит отличать эту фамилию от похожей по звучанию, но другой по смыслу фамилии Вафин. Последняя восходит к арабскому имени Вафи — «верный», «исполняющий обещание». Хотя корни близки, словообразовательные модели разошлись: Вафин образован с суффиксом -ин, а Вафаев — с -ев. Разница небольшая, но для этимолога она указывает на разные региональные или родовые традиции оформления фамилий.

Если говорить о социальном контексте: носители имени Вафа не принадлежали к какому-то одному сословию. Имя было распространено и среди крестьян, и среди городских ремесленников, и среди духовенства. Поэтому предки современных Вафаевых могли быть кем угодно — от муллы до кузнеца.