Фамилия Вафаев образована от арабского мужского имени Вафа. В переводе с арабского оно означает «честность, правдивость, верность слову, выдержанность, тактичность». Давая сыну такое имя, родители желали, чтобы он вырос достойным человеком, обладающим этими качествами. Фамилия строится по классической русской модели: к основе Вафа добавляется патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Вафы»). Эта модель характерна для фамилий, которые формировались в русской среде от иноязычных имён.

Исторические корни фамилии уходят в XV–XVII века. Скорее всего, родоначальник Вафаевых был выходцем из тюркской среды — из числа народов, связанных с Золотой Ордой, печенегами или половцами. В тот период многие носители тюркских и арабских имён переходили на русскую службу, принимали православие, а их потомки получали фамилии на -ов/-ев, сохраняя память о восточном имени основателя рода. Именно этот механизм объясняет, почему фамилия Вафаев, при всей своей восточной основе, существует в русской фамильной системе.

Фамилия Вафаев — не массовая, а редкая. Её носители встречаются в нескольких регионах России, что говорит о локальном распространении, а не о повсеместном бытовании. В отличие от более частых фамилий на -ин или -ский, Вафаев сохраняет прозрачную этимологию и прямую связь с арабским корнем, что делает её ценным памятником восточной письменности в русском ономастиконе.