Фамилия Вафоев — один из тех случаев, когда корень слова не сразу понятен русскому уху. Она образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Вафой. Это имя-прозвище, скорее всего, тюркского происхождения, и географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркские языки: Поволжье, Урал, Западная Сибирь.

Разбирать корень «ваф» нужно через арабское заимствование, которое через исламскую культуру попало в тюркские языки. Арабское «вафа» (وفاء) означает «верность», «исполнение обещания», «преданность». В тюркских языках, например в татарском и башкирском, слово «вафа» или «вафый» используется в том же значении, часто в составе сложных имён (Вафаулла, Вафанур). Таким образом, Вафой — это, вероятно, сокращённая или народная форма от полного имени Вафаулла (верный Аллаху) или просто прозвище «верный, надёжный человек».

Модель образования «Вафой + ев» — типичная для русских фамилий, которые давали нерусскому населению при переходе в православие или при документальном оформлении. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века татарина или башкира с именем Вафой могли записать как «Вафоев сын», и это закреплялось как фамилия. Встречается также вариант написания Вафиев (от имени Вафи), но Вафоев — более редкая форма, сохранившая исходное произношение.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Вафоев — это, как правило, потомки крестьян, ремесленников или торговцев из тюркоязычной среды. Фамилия не принадлежала к дворянским родам, а бытовала в среде простого народа, где имя давалось по реальному качеству человека. В современной России фамилия встречается нечасто, но её обладатели могут проследить свои корни вплоть до XVIII века в деревнях Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Вафин или Вафуллин, показывает, что Вафоев стоит ближе к разговорной, «обрусевшей» форме, где тюркское имя получило стандартный русский патронимический суффикс. Это делает фамилию интересным примером языкового смешения: арабский корень через тюркское посредничество и русскую грамматику превратился в фамилию, которая сегодня звучит вполне привычно.