Фамилия Вафоева — нечастый случай, где основа почти наверняка восходит не к русскому, а к арабскому или персидскому корню. В русском языке нет слова «вафой» или «вафа» в бытовом обиходе, зато в тюркских и мусульманских культурах имя Вафа (от арабского وفاء — «верность», «преданность») широко распространено. Фамилия образована по самой типичной для русской ономастики модели: к основе Вафа добавили суффикс -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или гласный (вместо твёрдого -ов). Так и получилась форма Вафоев, а женский вариант — Вафоева.

По сути, это патронимическая фамилия: предок носителя носил личное имя Вафа. В мусульманской среде имя Вафа давали с пожеланием, чтобы человек был верным слову и обязательствам. Судя по распространённости, фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, среди кавказских народов, а также в Средней Азии — везде, где исламская традиция имён смешалась с русским делопроизводством. В XIX — начале XX века, когда крестьяне и горожане получали фамилии, сына человека по имени Вафа записывали как Вафоев (буквально «сын Вафы»).

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла писаться и через «а» — Вафаев, но форма на -оев закрепилась из-за того, что в тюркском произношении имя звучит с редуцированным гласным на конце, близким к «о». Поэтому Вафоев — это не ошибка, а отражение живой речи. Встречаются и варианты с ударением на второй слог (Вафо́ев) и на первый (Ва́фоев), что зависит от местной традиции.

Редкость фамилии объясняется не только её восточным происхождением, но и тем, что имя Вафа в России никогда не было массовым. В советское время его давали редко, а значит, и число носителей фамилии невелико. Если вы встретили Вафоеву, скорее всего, её корни ведут в татарскую или башкирскую среду, возможно — в узбекскую или таджикскую.