Фамилия Вафкин — редкий случай, когда корень почти наверняка указывает на прозвище, связанное с едой, но не с тем, что приходит в голову первым. Основа здесь не «вафля» в современном кондитерском смысле, а «вафля» как диалектное или профессиональное название.

В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «вафлей» называли не сладкое изделие, а разновидность лепёшки, которую пекли из остатков теста или пресного хлеба. Слово могло относиться и к человеку: «вафлей» в переносном смысле дразнили того, кто был вялым, мягкотелым или, наоборот, любил поесть простую, грубую пищу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вафкин — это «сын Вафли», то есть человека, носившего такое прозвище.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых регионах «вафля» означала «обрубок», «коротышку» или даже «неуклюжего человека» (ср. диалектное «вафлить» — делать кое-как, валять дурака). Тогда прозвище могло характеризовать внешность или манеру поведения, а не гастрономические пристрастия.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых московских. Она типична для крестьянской и мещанской среды, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «вафля» было в ходу до XX века. Встречается она редко, и это делает её ценной для генеалогического поиска: все современные Вафкины, скорее всего, происходят из небольшого числа родов, а не из множества случайных очагов.

Таким образом, фамилия Вафкин — не про сладкое, а про бытовое прозвище, которое могло означать либо любителя простых лепёшек, либо нерасторопного человека. Корень у неё русский, диалектный, и это сразу отличает её от искусственных поздних фамилий на -кин, образованных от заимствованных слов.