Фамилия Вафлежуев — редкий случай, когда основа слова почти наверняка иноязычная, а оформление — чисто русское. Суффикс -ев указывает на стандартную модель образования: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. В данном случае исходное слово — «Вафлежуй».

Самая вероятная версия — фамилия происходит от прозвища, связанного с процессом еды. «Вафля» в русских говорах имела то же значение, что и сейчас, — тонкое сухое печенье. Глагол «жуй» — повелительное наклонение от «жевать». Сочетание «вафлежуй» могло быть шутливым прозвищем любителя сладкого, человека, который неторопливо жует вафли. Прозвища, образованные по модели «глагол в повелительном наклонении + объект действия», в русской антропонимии не редкость: вспомним фамилии Горицветов, Сорвиголова, Держидерево. Однако в случае с Вафлежуевым объект — заимствованное слово, что делает прозвище более поздним и, возможно, городским по происхождению.

Менее вероятна, но допустима версия, что основа — искажённое немецкое или голландское имя или фамилия (например, Waffel или Waffle), которое русские крестьяне или писцы переосмыслили как понятное «вафлежуй». В таком случае фамилия — результат народной этимологии, когда чужое слово подгоняли под знакомый смысл.

География фамилии крайне узкая. Вафлежуевы встречаются в основном на юге России, в частности в Ростовской области и Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает версию о позднем возникновении: в центральных и северных губерниях, где фамилии формировались раньше, подобных прозвищ не зафиксировано.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилия не могла возникнуть в дворянской среде из-за своего сниженного, бытового характера. Поскольку прозвище не оскорбительное, а скорее беззлобное, его мог дать односельчанин или священник при записи в метрическую книгу.