Фамилия Вагеник — редкий пример, когда русская по форме (суффикс -ик) фамилия имеет, скорее всего, немецкую основу. Вопрос происхождения упирается в то, с какого именно немецкого слова всё началось. Первая версия — от глагола wagen («отваживаться, осмеливаться»). В таком случае прозвище Вагеник могли дать человеку смелому, решительному, тому, кто «рисковал». Вторая, более бытовая версия — от существительного Wagen («экипаж, коляска, телега»). Тогда перед нами типичное «профессиональное» именование: Вагеник — это либо извозчик, либо мастер, который делал повозки. Оба значения логичны и не противоречат друг другу: в живой речи прозвище могло закрепиться и за смельчаком, и за возчиком.

Сама фамилия построена по русской словообразовательной модели: к немецкому корню Wagen- добавили суффикс -ик, который в восточнославянских фамилиях часто указывает на человека по его занятию или характерному признаку. Такая гибридная форма — не редкость в регионах, где долго жили немецкие колонисты: на Волге, в Причерноморье, на западе Украины. Именно там, в среде немецко-русского двуязычия, и могла появиться фамилия Вагеник.

Иногда фамилию ошибочно связывают с еврейскими фамилиями-метафорами (вроде Вейценбаум или Левенфиш), но это другая традиция. У евреев Ашкенази было принято образовывать фамилии от двух немецких корней, часто искусственно. Вагеник же — одноосновная фамилия, и её прозрачная «профессиональная» или «характерологическая» семантика типична как раз для немецких переселенцев, а не для искусственных канцелярских фамилий XIX века. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо отважным человеком, либо имел дело с колёсным транспортом.