Фамилия Вагиновец — редкий случай, когда географическое прозвище застыло в форме, указывающей на происхождение с точностью до одного населённого пункта. Суффикс -ец в русских фамилиях (как и в украинских, белорусских) обычно означает «выходец оттуда-то»: москвич — москвич, тамбовец — тамбовец. Вагиновец — это человек, который родом из Вагина или Вагиново. Таких топонимов в России несколько: деревни Вагино есть в Пермском крае, Кировской, Свердловской и других областях, а название Вагиново встречается, например, в Курской области. При этом фамилия явно не массовая — она штучная, локальная.

Основа фамилии — Вагин, но не от слова «вага» (вес, рычаг), а от гидронима или ойконима. Сама фамилия Вагин, в свою очередь, может восходить к реке Вага (приток Северной Двины) или к прозвищу от диалектного «вага» — «весы», «коромысло», а также «важный, степенный человек». Но в случае с Вагиновец цепочка иная: сначала появилось селение Вагино (по фамилии первопоселенца Вагин или по реке), а уже жителя этого селения прозвали Вагиновец. Такая модель образования фамилий типична для северных и центральных губерний России, где крестьянам часто давали фамилии по месту жительства, а не по отчеству.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или мещанином из конкретной деревни Вагино. Фамилия не указывает на род занятий, но сохранила точную привязку к малой родине — в отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, которые говорят лишь об отце. Вагиновец — это буквально «тот, кто из Вагина». В документах XIX века такие фамилии встречаются редко, чаще в метрических книгах и ревизских сказках как прозвище, которое позже закрепилось официально.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что содержит двойной суффикс: -ин (притяжательный) и -ец (указание на происхождение). Это делает её похожей на фамилии типа Ростовцев (из Ростова) или Тамбовцев, но с более узкой локализацией. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель на -овец/-инец описана как продуктивная для обозначения выходцев из городов и сёл, но Вагиновец — пример нестоличной, деревенской номенклатуры.

Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать корни в списках населённых мест Российской империи — вероятно, в Вятской, Пермской или Курской губернии. Фамилия не знатная, не дворянская, но именно такие «географические» прозвища точнее всего сохраняют память о том, откуда пошёл род.