Фамилия Вагратион — редкий для русского уха случай, когда дворянский титул стал родовым именем. Перед нами не «Вагратов» и не «Вагратьев», а именно Вагратион, и эта форма сразу указывает на грузинское происхождение. В грузинском языке суффикс -иони (-иани, -швили и т.д.) образует фамилии, и Вагратион — это не что иное, как «принадлежащий к роду Ваграта» или «потомок Ваграта».

Основа фамилии — грузинское мужское имя Ваграт (в русской традиции чаще Баграт). Это древнее имя, предположительно восходящее к древнеперсидскому *baga-pāta — «защищённый богом» или «дарованный богом». Таким образом, исходное значение фамилии — «из рода Ваграта», то есть потомок человека по имени Ваграт.

Исторически фамилия Вагратион (или Багратион) принадлежала грузинскому княжескому роду, который возводил своё происхождение к древнему царскому дому. Однако в русской среде эта фамилия не была распространена среди крестьян или мещан — она закрепилась за конкретной ветвью грузинской аристократии, выехавшей в Россию. Самый известный носитель, князь Пётр Иванович Багратион, герой Отечественной войны 1812 года, писал свою фамилию именно через «а» — Багратион, но в просторечии и в документах встречался и вариант Вагратион, особенно в тех случаях, когда фамилия передавалась через устную речь без фиксации точного титула.

Если ваш предок носил фамилию Вагратион, это почти наверняка указывает на его принадлежность к грузинскому дворянству, пусть и не обязательно к высшей знати. В Российской империи многие грузинские князья (тавади) получали подтверждение своего титула, и фамилия на -иони служила маркером этого статуса. Впрочем, встречаются и случаи, когда фамилию давали по имени отца или деда Ваграта (Баграта) в семьях, не имевших титула, но сохранивших грузинские корни.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу говорит о её заимствованном характере. На письме возможна путаница с начальной буквой: «В» вместо «Б» — результат акающего произношения, когда безударное «о» в имени Баграт слышалось как «а», а затем и «б» переходило в «в» в некоторых диалектах. Но этимологически верная форма — Багратион, а Вагратион — её фонетический вариант, закрепившийся в документах отдельных родов.