Фамилия Ваилишена восходит к славянскому женскому имени Василиса. В основе же фамилии лежит его просторечная форма Вайлиша. Василиса в переводе с греческого означает «царица, царственная». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ваилишеных можно лишь на основании генеалогических исследований.