Фамилия Василишена образована от старинного женского имени Василиса, точнее от его просторечной формы – Василиша. Имя Василиса произошло от греческого «basilissa», что означает «царственная», «властительница». В результате, потомок женщины, обладающей именем Василиша, со временем получил фамилию Василишена. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Василишеных можно лишь на основании генеалогических исследований.