Фамилия Василишин образована по редкой модели — от женского имени через суффикс -ин. В основе лежит просторечная форма Василиша, которая восходит к церковному имени Василиса. Греческое βασίλισσα означает «царица, царственная». Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: Василишин — буквально «чей?» — сын или потомок Василиши.

Такая словообразовательная цепочка необычна. Большинство фамилий на -ин образованы от мужских имён (Иванов сын — Иванов, Петров — Петров). Фамилия от женского имени встречается реже и часто сигнализирует об особых семейных обстоятельствах: возможно, мать была вдовой, или женщина играла ключевую роль в домохозяйстве, или имя отца не сохранилось в документах. В крестьянской среде, где фамилии закреплялись в XIX веке, такое могло произойти, если женщина была старшей в роду или единственной кормилицей.

Географически фамилия Василишин тяготеет к западным регионам — западная Украина, юго-запад России, где суффикс -ишин встречается чаще, чем в центральных областях. Встречаются варианты написания с одной «с» (Василишин) или с удвоенной (Вассилишин), но исходная форма устойчиво сохраняет корень Василиш-.

В ономастике нет единого мнения, считать ли основу Василиша самостоятельным именем или уменьшительной формой от Василисы. В быту обе формы сосуществовали: Василиса — полное церковное имя, Василиша — его разговорный вариант, который и закрепился в фамилии. Таким образом, каждый носитель фамилии Василишин — потомок женщины, которую в семье называли просто и по-домашнему Василишей, но за этим стояло значение «царственная».