Фамилия Василишен — одна из тех, чья форма сразу выдает географическое происхождение. Её «выдаёт» суффикс -ен, который в русской ономастике почти не встречается, зато характерен для украинской и белорусской традиции. В этих языках фамилии на -ен (Васючен, Павлючен, Грицен) образуются от уменьшительных форм крестильных имён и означают «сын такого-то» или «потомок». В русском языке та же роль досталась суффиксам -ов/-ев и -ин, поэтому Василишен — это украинский или белорусский аналог фамилии Василишин.

Основа фамилии — имя Василий, одно из самых распространённых на Руси после крещения. В народной речи оно дало множество сокращённых форм: Вася, Васюк, Василь, а также Василиш — именно от этой ласкательной или просторечной версии и пошла фамилия. Суффикс -ен добавляет значение принадлежности: «чей?» — «Василишен», то есть «сын Василиша». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Васили́шен, хотя в разных семьях могло закрепиться и на первом.

С точки зрения социальной истории, фамилия Василишен не относится к дворянским или старинным княжеским. Она возникла в среде крестьян, мещан и казаков, где фамилии часто закреплялись в XVIII–XIX веках при переписях и рекрутских наборах. Носители фамилии встречаются в основном на западе Украины (Волынь, Ровенщина), в Беларуси (Брестская, Гродненская области) и в приграничных районах России, куда переселялись выходцы из этих земель. Встречается и вариант написания с одной «с» — Василишен, но это скорее ошибка переписчиков, чем отдельная ветвь.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Василишен стоит в одном ряду с Васильевым, Василенко, Васильчуком и Василишиным. Но именно форма на -ен остаётся самой редкой и привязанной к узкому ареалу — западному Полесью. Поэтому для человека с такой фамилией почти наверняка можно сказать, что его предки жили на стыке украинской и белорусской культур, в зоне, где говор и обычаи смешивались веками.