Фамилия Ваиси — редкая и нестандартная для русского уха. С первого взгляда она кажется иноязычной, и это первая версия, которую стоит проверить: фамилия могла попасть в русский обиход из языков Кавказа или Ближнего Востока. В грузинском, осетинском или чеченском языках корень «ваис» или «ваиси» может означать «горе», «беда» или быть частью личного имени. Однако есть и более прозаичный вариант: фамилия могла возникнуть как русифицированная форма тюркского или арабского имени Ваис (в арабском — «податель», «даритель»). В таком случае суффикс -и указывает на принадлежность, то есть Ваиси — «из рода Ваиса».

С точки зрения словообразования, фамилия не вписывается в классическую русскую модель с суффиксами -ов/-ев или -ин. Окончание -и скорее характерно для фамилий, пришедших из языков, где притяжательность выражается иначе: например, в грузинском (-и, -дзе, -швили) или в некоторых тюркских языках. Это делает фамилию Ваиси ярким маркером невеликорусского происхождения. Если предки носителя фамилии жили в России, то, скорее всего, они были выходцами с Кавказа, из Средней Азии или Поволжья, где контакт с тюркскими и кавказскими языками был обычным делом.

Документальных свидетельств о древности фамилии Ваиси в русских архивах практически нет — в переписных книгах XVI–XVII веков она не встречается. Это подтверждает её позднее появление в русской среде, вероятно, не ранее XIX века, когда начались активные миграции и смешение народов. В современной России фамилия остаётся штучной, и её носители, скорее всего, знают о своих корнях из семейных преданий. Если таких преданий нет, то самый надёжный способ узнать точное происхождение — обратиться к языку той местности, откуда родом старшее поколение.