Фамилия Ваиткус звучит для русского уха непривычно — и неспроста. Это литовская фамилия, образованная по типичной для балтийских языков модели. За основу взято личное имя или прозвище Вайткус (лит. Vaitkus), а само оно — производное от имени Вайтас (Vytautas) или, что вероятнее, от слова «vaitas» — в старо-литовском так называли деревенского старосту, судью или управляющего. Суффикс -ус (-us) в литовских фамилиях указывает на принадлежность или происхождение: буквально Ваиткус — «сын Вайтаса» или «тот, кто из рода Вайтаса».

В XIX веке, после отмены крепостного права в Российской империи, литовские крестьяне массово получали фамилии. Ваиткус — одна из частых фамилий в Литве, особенно в западных и центральных районах (Жемайтия, Аукштайтия). Встречается она и у литовцев, переселившихся в Сибирь, на Урал или в Прибалтику в советское время, а также у потомков литовских эмигрантов в США и Канаде.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Ваиткус, Ваиткуса, Ваиткусу. Женский вариант — Ваиткус (несклоняемая) или Ваиткусене (если женщина замужем) и Ваиткусайте (для незамужней), хотя в русскоязычной среде чаще оставляют единую форму. Встречается также написание Вайткус — с буквой «й» вместо «и»; это не ошибка, а отражение произношения: в литовском языке звук «аи» читается как «ай».

Редкость фамилии за пределами Литвы объясняется её узким ареалом и тем, что она не получила распространения через дворянские роды или массовые миграции. Если ваш предок носил фамилию Ваиткус, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником из литовской деревни, а сама фамилия — не прозвище по занятию, а отчество от имени предка.