Фамилия Вахку — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор упирается в вопрос происхождения носителя. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная или искусственно созданная, поэтому привычная модель «основа + суффикс» здесь не работает.

Первый и самый вероятный вариант — фамилия финно-угорского происхождения. В финском языке слово «vahku» означает «крепкий», «прочный» или «сильный». Это прозвище по физическому качеству — сильный человек, здоровяк. В Карелии, Ингерманландии и среди вепсов такие прозвища могли лечь в основу фамилий без дополнительных русских суффиксов, особенно если фамилию фиксировали в приходских книгах со слов самого человека. В этом случае Вахку — это и есть исходное прозвище, которое не стали русифицировать.

Второй путь — эстонские корни. В эстонском языке «vahku» (от «vahk») означает «воск». Тогда фамилия могла указывать на занятие предка: торговец воском, пчеловод или работник, связанный с производством свечей. В Эстонии и на северо-западе России (Псковская, Ленинградская области) такие прозвища были распространены, и фамилия могла перейти в русскую среду без изменений.

Третий, менее вероятный вариант — это описка или искажение при переписи. В документах XIX века фамилии часто записывали на слух. Возможно, исходная форма была «Вахрушев» (от имени Варфоломей в просторечии Вахруш) или «Вахнин» (от имени Вахня), но писарь сократил или упростил запись до «Вахку». Однако против этой версии говорит то, что фамилия Вахку встречается в единичных случаях, а не как вариант массовой фамилии.

Географически фамилия привязана к Северо-Западу России и Прибалтике. Если ваши предки родом из Карелии, Ленинградской области или Эстонии, то версия с финским или эстонским корнем наиболее правдоподобна. Если же фамилия появилась в центральных или южных регионах, стоит проверить архивные записи на предмет ошибки переписчика.

По суффиксальной модели фамилия не типична для русского языка: окончание на -у без наращения (как в фамилиях Долгих, Черных) для славянских фамилий нетипично, а вот для финно-угорских — норма. Это дополнительный аргумент в пользу первой версии.