Фамилия Валигун — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, почти без изменений перешло в фамилию. Она образована без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, что сразу выдает её украинские или южнорусские корни. Модель образования проста: народное прозвище Валигун стало фамилией напрямую, по так называемому «бессуффиксному» типу.

Основа фамилии — украинское слово «валiти». В отличие от русского «валить», украинский глагол имеет более конкретные значения: «заставлять падать, опрокидывать, силой наклонять» или, что особенно важно, «подсекая или подпиливая у основания, заставлять падать на землю (лес, деревья); рубить». Суффикс -ун в украинских прозвищах типичен для обозначения деятеля: он указывает на человека, который постоянно или профессионально совершает названное действие. Таким образом, Валигун — это тот, кто валит, то есть лесоруб.

Скорее всего, первый носитель фамилии занимался именно рубкой леса. В регионах, где фамилии такого типа были распространены (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), лесное хозяйство было одним из основных промыслов. Прозвище могло закрепиться за человеком сильным, работающим с топором, или же за тем, кто руководил валкой деревьев.

В русских говорах встречается похожий глагол «валить» (лес), но именно украинская огласовка корня (валiти) и суффикс -ун делают версию о происхождении из западнорусских или украинских земель наиболее убедительной. Фамилия Валигун — не «переделанная» русская, а прямая, народная, сохранившая в своей основе профессиональное прозвище древнего лесоруба.