Фамилия Валиходжаев — одна из тех, что указывает на восточные, точнее, среднеазиатские корни, и образована по русской патронимической модели. Её основа — составное арабско-персидское имя Валиходжа. Первая часть, «Вали», восходит к арабскому «вали» — «святой», «друг (Аллаха)», «правитель». Вторая часть, «ходжа» (персидское «хваджа»), означает «господин», «хозяин», «наставник» или «учитель», а в Средней Азии так называли потомков первых проповедников ислама или купцов. Таким образом, имя Валиходжа можно перевести как «святой господин» или «правитель-наставник».

Русский суффикс -ев в этой фамилии — не случайность. В XIX — начале XX века, когда территории Средней Азии вошли в состав Российской империи, местные имена и прозвища при записи в документы часто русифицировали по привычной модели: к основе добавляли суффикс принадлежности (-ов, -ев, -ин). Фамилия Валиходжаев буквально означает «сын Валиходжи» или «потомок Валиходжи». Это типичный пример адаптации мусульманского именослова к русской паспортной системе.

Носители фамилии почти наверняка происходят из Узбекистана или Таджикистана, реже — из других регионов Центральной Азии. Имя Ходжа и его производные (Ходжаев, Ходжиев) там очень распространены, а двойная форма Валиходжа встречается реже, что делает фамилию более конкретной. Предок, носивший имя Валиходжа, скорее всего, был уважаемым человеком в своей общине: либо религиозным деятелем, либо состоятельным торговцем. В пользу этого говорит и то, что в исламской традиции «ходжа» — это не просто имя, а указание на социальный статус или происхождение от пророка (через дочь Фатиму).

Интересно, что в русском языке фамилия сохранила твёрдое произношение конечного «дж», характерное для тюркских и иранских языков. Встречаются варианты написания с одной «ж» (Валихожаев) или с «и» на конце (Валиходжаев), но стандартная форма — через «дж», которая точнее передаёт звучание исходного имени. Фамилия нечастая, и её обладатели, как правило, могут проследить свои корни до конкретного региона Ферганской долины или Самаркандской области.