Фамилия Вандзонко — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти сразу, а вот корень слова требует догадок. Внешний облик фамилии выдает её белорусское или, реже, польское происхождение: суффикс -ко (в старых записях часто -ко) характерен для восточнославянских фамилий, особенно на территории современной Беларуси и Украины. Однако основа Вандзон- не имеет прямого аналога в славянских именах или прозвищах.

Здесь стоит предположить, что перед нами фонетически изменённая форма от имени или прозвища, которое в исходном виде звучало иначе. Самый вероятный путь — через польское влияние. В польском языке есть имя Ванда (Wanda), а также уменьшительные формы вроде Вандзя, Вандзек. Суффикс -онк- (-ąk-) в польской ономастике даёт фамилии типа Вандзонк (Wądząk) или Вандзёнк (Wądzięk). При переходе в восточнославянскую среду носовой звук «ą» мог утратиться и записаться как «он», а фамилия получила белорусское окончание -ко. Таким образом, Вандзонко — это, скорее всего, «сын Вандзя» или «потомок Ванды», где Ванда — женское имя, известное по исторической легенде о княжне Ванде, но в быту использовавшееся и как прозвище.

Вторая, менее вероятная версия — связь с глаголом «вандзаць» (бел. диал. «бродить», «шататься»). В этом случае Вандзонко могло бы означать «бродяга» или «человек, который много ходит». Однако глагол этот редкий, и фамилия, образованная от него напрямую, скорее имела бы суффикс -ач или -ун, а не -ко. Поэтому первая версия — через польское уменьшительное имя — выглядит убедительнее.

Ареал фамилии узок: Вандзонко встречается в основном в западных областях Беларуси (Гродненская, Брестская) и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России XIX века носители этой фамилии записывались как мещане и крестьяне, то есть предки не принадлежали к дворянству. Написание могло варьироваться: в метрических книгах встречаются формы Вандзенко, Вандзюнко — это следы разного произношения одного и того же прозвища в устной речи.