Фамилия Ванденко образована по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был основным способом создания фамилий на территориях современной Украины и юга России. Этот суффикс указывал на сына или потомка человека, названного в основе. Значит, Ванденко — буквально «сын Ванды».

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Ванда. Его происхождение неоднозначно, и стоит разобрать две версии.

Первая, более конкретная, отсылает к диалектному слову «ванда». В южнорусских говорах так называли рыболовную снасть — плетёную ловушку в виде бутылки или воронки, которую ставили в омутах и глубоких местах. В этом случае предок Ванденко был рыбаком, который промышлял такой снастью, и прозвище Ванда закрепилось за ним по роду занятий.

Вторая версия связывает Ванду с именем Иван. В польском и болгарском языках Ванда — это народная форма Ивана (от древнееврейского Йоханан — «Бог смилостивился», «милость Божия»). Однако в русской и украинской среде имя Ванда как полное имя встречалось редко, чаще как уменьшительное. Гораздо вероятнее, что в основе лежит именно прозвище, а не каноническое имя.

В пользу прозвищного происхождения говорит и ранняя фиксация: в новгородских документах 1540 года упомянут крестьянин Василий Ванда. Эта запись показывает, что Ванда бытовало как самостоятельное прозвище задолго до того, как фамилии стали наследственными. Позже это прозвище перешло в фамилию, закрепившись за потомками того самого рыбака или просто человека с таким уличным именем.

Фамилия Ванденко — характерный пример южнорусской или украинской фамилии, где прозвище, данное по ремеслу или внешнему признаку, превратилось в родовое имя с помощью типичного суффикса -енко.