Фамилия Ванинские образована от имени Ваня — уменьшительной формы имени Иван (каноническая форма Иоанн, в переводе с древнееврейского — «милость Божья»). Имя Иван несколько столетий, с XVI по XIX век, оставалось самым частым у русских: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Поэтому фамилии на этой основе — одни из самых распространённых.

Но в фамилии Ванинские интересен не столько корень, сколько суффикс. Окончание -ский (в женском роде -ская) указывает на украинское или польское происхождение. В русской традиции фамилии от имени Ваня чаще оформлялись суффиксами -ов или -ин (Ванин, Ваничкин). Суффикс -ский же в украинской и польской среде добавляли к названиям местности или к прозвищам, подчёркивая принадлежность к роду, месту или сословию. То есть Ванинские — это не «Ванины», а скорее «те, кто из рода Вани» или «те, кто живёт в местности, связанной с Ваней».

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия. Процесс формирования таких фамилий на украинских землях начался приблизительно в XIV веке, но массово они закрепились позже. Точное место и время возникновения фамилии Ванинские можно установить только при глубоких генеалогических исследованиях, однако её словообразовательная модель — редкий случай, когда уменьшительное имя получило «шляхетское» окончание -ский, что выделяет эту фамилию среди множества однокоренных.