Фамилия Ванушко — редкий пример того, как уменьшительно-ласкательный суффикс может стать основой фамилии. Её ядро — имя Ваня, народная форма канонического имени Иоанн (в русской традиции — Иван). Но ключевая особенность здесь не в корне, а в суффиксе -ушк-. В русской ономастике этот суффикс типичен для прозвищ и неофициальных имён: он придаёт оттенок ласкательности или принадлежности к младшему поколению («малыш Ваня», «Ванюшка»). Фамилии на -ушко (Ванушко, Петрушко, Микушко) встречаются в основном в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Украины, Беларуси и юга России. Там суффикс -ушк- мог заменять стандартное русское -ушк-а или -еньк-а, образуя фамилии без дополнительного родового окончания.

По словообразовательной модели Ванушко — это «прямая» фамилия, то есть она не добавляет типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин). В русской традиции такую форму могли закрепить за человеком в качестве прозвища: «Ванушко» — это либо младший сын Вани, либо просто ласковое обращение, которое со временем стало фамилией. В белорусском и украинском именослове фамилии на -ко, -ушко часто фиксировались без изменений, и Ванушко здесь стоит в одном ряду с Петрушко, Гришко, Микушко.

Есть и менее очевидная версия: основа могла произойти не от имени Ваня, а от прозвища Вануша (от диалектного «ванить» — медлить, мешкать). Но она слабее, так как в говорах такой глагол редок, а имя Иван — самое распространённое мужское имя в дореволюционной России, и его производные дали десятки тысяч фамилий. Правдоподобнее считать, что Ванушко — это «сын Вани» или «маленький Ваня», причём фамилия закрепилась в той форме, в какой её записал писарь, не переделывая на русский лад.

Встречаемость фамилии невысокая. В современных базах она фиксируется в России (особенно в Брянской, Смоленской областях), в Беларуси и на востоке Украины. Сословного барьера у неё не было: Ванушко мог быть и крестьянином, и мещанином — фамилия не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству, а лишь на то, что предка звали Ваней или Ванюшкой.