Фамилия Ваняшкина — женская форма фамилии Ваняшкин. В её основе лежит мужское имя Ваняша, которое представляет собой просторечную и уменьшительно-ласкательную форму канонического имени Иван. Иван — одно из самых распространённых имён на Руси, поэтому и производных от него фамилий великое множество: от привычных Ивановых до редких Ванюшкиных, Ванягиных и, собственно, Ваняшкиных.

Суффикс -аш- в имени Ваняша — характерный для русской народной речи способ образования ласкательных имён (сравните: Федяша от Фёдор, Миша от Михаил). В отличие от суффикса -ушк- (Ванюшка), который звучит более нежно, -аш- придаёт имени оттенок фамильярности и простоты. Это имя могли дать ребёнку в крестьянской или мещанской среде, где не стремились к официальным формам.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ваняш- добавился суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Ваняши». Таким образом, Ваняшкин — это буквально «потомок Ваняши». Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским регионам России, где имя Иван было особенно популярно, а суффикс -аш- встречается чаще, чем на севере или юге.

Однокоренные фамилии — Ванягин, Ванюхин, Ванечкин — различаются только суффиксом, но все они ведут к одному корню. Фамилия Ваняшкина не относится к дворянским или аристократическим, её носители — потомки крестьян или посадских людей, чьё прозвище или домашнее имя Ваняша закрепилось как родовое.