Фамилия Ваняйин — редкий пример, где написание расходится с произношением. Если слышится «Ваня́ин», то по правилам русской орфографии должно быть «Ваняин», а не «Ваняйин». Буква «й» перед «и» в суффиксе -ин — это аномалия, которая возникает, когда основа заканчивается на -ий: например, от имени Валерий образуется Валериин, а не Валерийин. Но в фамилии Ваняйин этот «й» закрепился на письме, что говорит о поздней фиксации или диалектном произношении.

Основа фамилии — Ваняй. Это, скорее всего, неканоническая форма крестильного имени Иван. В русских говорах имя Иван давало десятки производных: Ваня, Ванька, Ванюха, Ванятка, а также Ваняй. Формант -ай характерен для северных и сибирских говоров (ср. Минай от Мина, Кузьмай от Кузьма). Ваняй — это ласкательное или обиходное именование, которое в быту закрепилось за конкретным человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Ваняин», то есть сын или потомок Ваняя. Фамилии на -ин в центральной России и на Русском Севере — одна из самых распространённых моделей, но в сочетании с основой Ваняй- она встречается редко. В списках фамилий по переписям XIX века Ваняйин почти не попадается, что подтверждает её локальный характер.

Географически фамилия может быть связана с районами, где бытовала форма Ваняй: это Вологодчина, Архангельская область, отчасти Поволжье. В современных базах данных носители Ваняйин встречаются единично, чаще в Сибири и на Урале — туда предки могли переселиться в ходе миграций XVIII–XIX веков.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды на -ин обычно имели основу на -а (Кузьмин, Ильин) и не образовывались от просторечных форм имени. Ваняйин — это прозвищная фамилия, которая прямо указывает на предка по имени Ваняй, без дополнительных ремесленных или территориальных привязок.

Единственная сложность — не путать её с фамилией Ваняин (без «й»). Разница в одну букву может вести к разным родословным: Ваняин — это нормативное образование от Ваня, а Ваняйин — от Ваняй. Если ваши документы пишутся через «й», значит, предок носил именно ту самую диалектную форму имени.