Фамилия Ваняйкин — один из тех случаев, когда разбор суффикса сразу даёт ключ к пониманию. Формант -кин — это вариант суффикса -ин, который появляется в фамилиях после основ на -к, -ч, -ц. Здесь он присоединён к основе Ваняйк-, которая сама по себе не имя, а уменьшительная форма от имени. Скорее всего, в основе лежит имя Ваняй — просторечная, диалектная ласкательная форма от Иван. В русских говорах такие формы с суффиксом -яй (Ваняй, Петряй, Степаняй) встречались: они придавали имени оттенок фамильярности или принадлежности к определённой среде. То есть Ваняйкин — буквально «чей?» — сын Ваняя, потомок человека, которого в быту звали не Ваня, не Ванечка, а именно Ваняй.

Словообразовательная цепочка проста: Иван → Ваняй (разговорная форма) → Ваняйка (ещё один уменьшительный шаг с суффиксацией) → Ваняйкин. Фактически перед нами двойное уменьшение, что для русских фамилий не редкость, но именно сочетание -яй-к- встречается нечасто. Это сразу отличает Ваняйкина от более массовых Ивановых или Ваниных.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку европейской части России. В переписях и архивных записях XIX века Ваняйкины чаще всего фиксируются в бывшей Нижегородской губернии и в Вятском крае. Это регионы, где были сильны старообрядческие общины и где сохранялись архаичные формы имён. Возможно, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, а само прозвище Ваняй закрепилось за ним в официальных документах — например, в ревизских сказках, где писарь записывал человека не по полному имени, а по тому, как его звали в деревне.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «ваняйкать» — в некоторых говорах так могли называть человека, который говорит невнятно, «мямлит». Но эта гипотеза слабая: во-первых, глагол редкий и локальный, во-вторых, она не объясняет, почему суффикс -кин, а не -ов. Имена-основы всегда дают более надёжную этимологию, чем случайные звуковые совпадения с диалектизмами. Поэтому версия с производным от Иван — основная и принимается большинством исследователей русских фамилий, включая работы Б. Унбегауна по модели «отчество от уменьшительного имени».

Таким образом, фамилия Ваняйкин — это отчество от бытовой, почти домашней формы имени Иван. Носитель такой фамилии может с уверенностью считать, что его предок носил самое распространённое на Руси имя, но в той его версии, которая выдавала в нём человека из определённой местности и, возможно, из простонародной среды, где имена не церемонно укорачивали.