Фамилия Ванякин образована от имени Ваняка, которое является уменьшительно-ласкательной формой крестильного мужского имени Иоанн, что в переводе с древнееврейского языка означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваняка, со временем получил фамилию Ванякин.