Основой фамилии Ванягина послужило имя Ваняга. Имя Ваняга является производной формой имени Иван (каноническая форма Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Фамилии, образованные от форм имени Иван, очень распространены у славян, так как это имя на протяжении нескольких столетий (с XVI по XIX века) являлось у восточных славян самым распространенным, так как часто встречалось в святцах: в истории православия известно более ста святых покровителей этого имени. Вероятно, основатель рода Ванягиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваняга, со временем получил фамилию Ванягина.