Фамилия Варахтина — женская форма от Варахтин, а её основа почти наверняка связана с диалектным словом «варахта». В русских говорах, особенно северных и уральских, «варахта» означала суетливого, беспокойного человека, непоседу, а иногда и неопрятного, неряшливого. Глагол «варахтаться» — возиться, копошиться, делать что-то медленно или суетливо. Так что прозвище Варахта получил, скорее всего, человек с таким характером или манерой работы.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Варахтин). Такие фамилии образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я, и были особенно распространены в северных и центральных регионах России. Варахтин — типичная «семейная» фамилия, которая закрепилась за потомками одного человека по имени или прозвищу Варахта.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, форма на -ин часто встречается в тех местах, где бытовала «оканьяющая» речь (Вологда, Архангельск, Пермь). Можно предположить, что географические корни фамилии Варахтины — именно Русский Север или Приуралье. Там же, кстати, известно слово «варахтать» — делать что-то кое-как, на скорую руку, что добавляет прозвищу оттенок не только суеты, но и небрежности.

В дореволюционных переписях фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном характере. Вариант Варахтина — это форма, которая в современном обиходе чаще всего обозначает женщину (как у Пушкиной, Ивановой), хотя исторически женская фамилия могла быть и просто Варахта. Редкость и прозрачная, но неочевидная для современного уха этимология делают эту фамилию живым свидетельством народной речи.