Фамилия Варахтин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Варахт-», не имеет очевидных параллелей в русском именослове, что заставляет искать корни либо в диалектной лексике, либо в иноязычных заимствованиях.

Самый простой путь — разобрать фамилию по модели. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Варахтин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Варахта. Само слово «варахта» в русских говорах не зафиксировано, но можно предположить, что оно образовано от глагола «варахтаться» — возиться, копошиться, делать что-то медленно и неловко. В таком случае прозвище Варахта могли дать нерасторопному, суетливому или неаккуратному человеку. Эта версия правдоподобна, так как в русской ономастике множество фамилий образовано от прозвищ по характеру или поведению (Торопыгин, Непоседов).

Вторая версия выводит фамилию из тюркских языков. Корень «варах» или «барах» может означать «идущий», «приходящий» или восходить к личному имени. В тюркской среде такие имена давали детям, родившимся в пути или после долгого отсутствия отца. С учётом того, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где исторически были сильны тюркские влияния, эта гипотеза имеет право на существование. Однако она менее убедительна, так как для тюркских заимствований в русских фамилиях обычно характерна более прозрачная семантика (например, Булгаков — «беспокойный»).

Обратите внимание на редкий суффиксальный вариант: в некоторых документах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться как «Варахтов» (с суффиксом «-ов»). Это говорит о том, что основа могла осмысляться и как имя на твёрдый согласный, что встречается в старообрядческой среде, где бытовали неканонические имена. Географически Варахтины чаще всего встречаются в Пермском крае и Кировской области — регионах с плотным расселением староверов. Возможно, фамилия сохранила древнее прозвище, которое в центральной России уже вышло из употребления.