Фамилия Вара — редкий случай, когда корень слова вызывает у исследователей два противоположных образа. В словаре Владимира Даля «вара» означает либо «холм, небольшая гора, крутой пригорок», либо, наоборот, «овраг». Казалось бы, значения исключают друг друга, но для прозвища это неважно: и в том, и в другом случае оно указывало на характер местности, где жил человек. Предок рода Вары мог получить прозвище потому, что его дом стоял на возвышенности или, напротив, в низине у оврага. Такие «топографические» прозвища были очень распространены в русских деревнях: они заменяли человеку фамилию и сразу говорили соседям, где его искать.

Менее вероятная, но тоже возможная версия связывает «вару» с глаголом «варить». В этом случае прозвище могло закрепиться за поваром или за человеком, который варил смолу — например, за смолокуром. Однако против этой версии говорит то, что профессиональные прозвища в русском языке обычно образовывались с помощью суффиксов (Вареник, Варщик), а бессуффиксная форма Вара типична именно для прозвищ, данных по месту жительства.

Сама фамилия выглядит необычно: она не имеет типичных русских фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Такая «голая» форма (Вара, а не Варин или Варов) встречается в основном в западных и южных регионах России, а также на Украине и в Белоруссии, где фамилии нередко застывали в виде чистого прозвища или имени. Поэтому географически фамилия Вара может указывать на корни из тех мест, где процесс оформления фамилий шёл по упрощённой модели, без прибавления патронимического суффикса.

Передаваясь из поколения в поколение, фамилия Вара сохранила память о происхождении своего первого носителя — скорее всего, человека, который жил на видном холме или в заметном овраге, и эта деталь ландшафта стала его именем на всю жизнь.